urodził się 14 marca 1921 r. w Rybniku. W okresie gimnazjalnym był bardzo aktywny w harcerstwie. Maturę zdał w roku 1938. Brał czynny udział w wojnie obronnej 1939 roku. W marcu 1940 r. został ujęty przez Gestapo za działalność konspiracyjną i wywieziony do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu. W marcu 1942 roku zostaje skazany w Katowicach za działalność przeciw III Rzeszy na karę śmierci przez ścięcie. Po przeszło trzech miesiącach oczekiwania na wykonanie wyroku zostaje ułaskawiony.
W czasie pobytu w celi śmierci dokonało się jego cudowne nawrócenie na osobową wiarę w Chrystusa, połączone z decyzją oddania swego życia na Jego służbę.
Po zakończeniu wojny wstąpił do Śląskiego Seminarium Duchownego i 25 czerwca 1950 r. przyjął święcenia kapłańskie.
Od 1957 roku prowadził działalność trzeźwościową pod nazwą Krucjata Wstrzemięźliwości. W roku 1960 władze państwowe zlikwidowały Centralę Krucjaty, a ks. Franciszka w związku z tym aresztowano w marcu 1961 r. W tym samym gmachu sądu, gdzie w okresie okupacji otrzymał wyrok śmierci, skazano go na 13 miesięcy więzienia z zawieszeniem na 3 lata. Wówczas osiadł w Krościenku nad Dunajcem.
W latach sześćdziesiątych stał się jednym z głównych w Polsce promotorów realizacji nauki Soboru oraz zainicjował ruch Oazy Żywego Kościoła, nazwany później Ruchem Światło-Życie. Z inspiracji ks. Franciszka Blachnickiego powstało też wiele inicjatyw o charakterze społecznym, będących odpowiedzią na znaki czasu: Krucjata Wyzwolenia Człowieka, Plan Wielkiej Ewangelizacji, Niezależna Chrześcijańska Służba Społeczna czy też, już na Zachodzie, Chrześcijańska Służba Wyzwolenia Narodów.
Stan wojenny zastał ks. Franciszka Blachnickiego poza granicami kraju. Odczytując znaki czasu osiadł w 1982 roku w polskim ośrodku Marianum w Carlsbergu, intensywnie rozwijając działalność wśród emigracji.
Zmarł 27 lutego 1987 roku i został pochowany w Carlsbergu. 9 grudnia 1995 r. rozpoczął się jego proces beatyfikacyjny. 1 kwietnia 2000 r. dokonano przeniesienia doczesnych szczątków Sługi Bożego do Krościenka nad Dunajcem. W listopadzie 2001 roku zakończono proces beatyfikacyjny w diecezji, w 2002 rozpoczął się proces beatyfikacyjny w Rzymie.